poj 3691 DNA repair

题目链接：http://poj.org/problem?id=3691

题目大意：已知一个DNA串和一些病毒DNA序列，求出最少改变DNA串中多少个字符，能使得串中不包含任意一个病毒序列。

题目思路：ac自动机加简单dp.

#include<stdio.h>
#include<stdlib.h>
#include<string.h>
#include<string>
#include<queue>
#include<algorithm>
#include<vector>
#include<stack>
#include<list>
#include<iostream>
#include<map>
using namespace std;
#define inf 0x3f3f3f3f
#define Max 110
int max(int a,int b)
{
	return a>b?a:b;
}
inline int min(int a,int b)
{
    if(b==-1)
        return a;
	return a<b?a:b;
}
int q[55*20],cnt;
char s[1100];
int mp[300];
int dp[2][1100];
struct node
{
    int cnt,fail;
    int next[26];
    void init()
    {
        cnt=fail=0;
        memset(next,0,sizeof(next));
    }
}tri[55*20];
void insert(char *s)
{
    int i,p,x;
    p=0;
    for(i=0;s[i];i++)
    {
        x=mp[s[i]];
        if(!tri[p].next[x])
        {
            tri[++cnt].init();
            tri[p].next[x]=cnt;
        }
        p=tri[p].next[x];
    }
    tri[p].cnt++;
}
void bfs()
{
    int i,p,suf,head,tail;
    p=head=tail=0;
    for(i=0;i<4;i++)
    {
        if(tri[0].next[i])
        {
            q[tail++]=tri[0].next[i];
            tri[0].fail=0;
        }
    }
    while(head<tail)
    {
        p=q[head++];suf=tri[p].fail;
        tri[p].cnt+=tri[suf].cnt;
        for(i=0;i<4;i++)
        {
            if(tri[p].next[i])
            {
                q[tail++]=tri[p].next[i];
                tri[q[tail-1]].fail=tri[suf].next[i];
            }
            else
                tri[p].next[i]=tri[suf].next[i];
        }
    }
}
void solve()
{
    int i,j,k,tmp;
    for(i=0;i<=cnt;i++)
        dp[0][i]=-1;
    dp[0][0]=0;
    int now=0;
    for(i=0;s[i];i++)
    {
        for(j=0;j<=cnt;j++)
            dp[1-now][j]=-1;
        for(j=0;j<=cnt;j++)
        {
            if(dp[now][j]==-1)
                continue;
            for(k=0;k<4;k++)
            {
                tmp=tri[j].next[k];
                if(tri[tmp].cnt)
                    continue;
              //  printf("akkk\n");
                if(mp[s[i]]==k)
                {
                    dp[1-now][tmp]=min(dp[now][j],dp[1-now][tmp]);
                }
                else
                    dp[1-now][tmp]=min(dp[now][j]+1,dp[1-now][tmp]);
            }
        }
        now=1-now;
    }
    int ans=-1;
    for(j=0;j<=cnt;j++)
    {
        if(dp[now][j]==-1)
            continue;
        ans=min(dp[now][j],ans);
    }
        printf("%d\n",ans);
}
int main()
{
    int i,n,count=1;
    char str[25];
    mp['A']=0;mp['C']=1;mp['G']=2;mp['T']=3;
    while(scanf("%d",&n),n)
    {
        cnt=0;tri[0].init();
        for(i=0;i<n;i++)
        {
            scanf("%s",str);
            insert(str);
        }
        scanf("%s",s);
        bfs();
        printf("Case %d: ",count++);
        solve();
    }
}